Líneas de investigación del grupo de Historia Colonial
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Historia económica y social
En esta línea de investigación se abordan los diferentes procesos relacionados con la producción, intercambio y apropiación de recursos en el Nuevo Reino de Granada e Hispanoamérica. Se propone, también, determinar las coyunturas económicas más significativas y las tendencias de larga duración que caracterizaron al virreinato e incidieron en el período republicano. Dichos procesos se inscriben en la configuración y desarrollo de los diversos grupos que constituyeron la sociedad colonial. Entre otros temas, se busca promover el estudio de las sociedades indígenas en el momento de la conquista y sus transformaciones posteriores e investigar acerca de la población africana esclavizada en América, sus descendientes, la trata de esclavos y el trabajo en las minas, plantaciones y ciudades. De igual forma, son materia de estudio las actividades que desarrollaron los mestizos, así como la participación económica de las élites en empresas agropecuarias y mineras y en el comercio.

Historia urbana colonial
Las ciudades coloniales fueron concebidas como la base donde se desplegaron diferentes procesos de control territorial y social. Estos centros urbanos dieron lugar a sentimientos colectivos de una identidad, que arraigó como un importante factor en las decisiones económicas y políticas. El Nuevo Reino de Granada, desde muy temprano, vio multiplicarse estos centros, lo que dio lugar a un fenómeno distinto del que ocurría en otras partes, en las que una o dos ciudades concentraban el poder colonial. La línea de investigación responde a la importancia que a largo plazo tuvieron estos y otros aspectos.

Historia cultural
Esta línea busca investigar acerca de las estructuras de sentido en las cuales se inscribieron las prácticas de la sociedad colonial, descifrar los procesos de transformación ocurridos en el orden simbólico y establecer las características que asumieron las relaciones entre sistemas de significado y los niveles político-económicos. Algunos de los temas que se tratan son los siguientes: procesos de construcción de la representación del cuerpo femenino en los diversos sectores sociales de la Nueva Granada (siglos XVII y XVIII), a partir del análisis de expresiones visuales y escritas, el significado de prácticas sociales como la dote matrimonial, investigaciones sobre los testamentos de indios elaborados a finales del siglo XVI y procesos de occidentalización desarrollados en situaciones particulares, entre otros.

Historia de la ciencia
Con esta línea de investigación se busca promover el estudio de los procesos de construcción, difusión y usos del conocimiento en el ámbito virreinal, con el ánimo de atender a los paradigmas de cada época y al ordenamiento social y político en que esa construcción se inscribe. Se hace un especial énfasis en la llegada de las ideas de la Ilustración europea a nuestro territorio y su difusión a finales del siglo XVIII, en el marco del reformismo borbónico, cuya principal empresa científica fue la Expedición Botánica dirigida por José Celestino Mutis. Se busca de esta manera ampliar las perspectivas del proyecto editorial Flora Mutis, que a lo largo de cinco décadas ha rescatado la producción realizada por dicha expedición científica.

Historia política
Se propone conocer las características que adoptaron las estructuras de poder coloniales, tanto las que se consolidaron en esquemas institucionales como aquellas cuya implementación siguió otras vías, para comprender el modo como fueron representadas dichas estructuras por los diferentes grupos de la sociedad y las acciones que a partir de ellas articularon, tanto en el plano local como en el regional. Además, se propone estudiar los factores políticos coloniales de larga duración y la manera como el orden social generado en el proceso de construcción nacional los asimiló, adaptó o rechazó.