La historia de los parques arqueológicos de Colombia está estrechamente ligada al desarrollo de la investigación arqueológica en el país. Son los esfuerzos pioneros de arqueólogos y arqueólogas colombianos y extranjeros vinculados a la investigación en San Agustín, Tierradentro y Ciudad Perdida, lo que comienza a crear una conciencia sobre la importancia de preservar el patrimonio cultural de las sociedades precolombinas. La adquisición de terrenos, la restauración de monumentos funerarios y la creación de la infraestructura física y administrativa consolidan finalmente la existencia de estos parques. Desde entonces, estas reservas se perfilan como espacios que combinan la protección, el estudio, la divulgación y la recreación.

Hoy en día, el Instituto Colombiano de Antropología e Historia, ICANH, se ocupa de la protección, conservación y custodia de cuatro parques arqueológicos:

Los parques Arqueológico de San Agustín en el departamento del Huila y Arqueológico de Tierradentro en el departamento del Cauca se crearon en los años cuarenta y fueron incluidos por la UNESCO en la lista de Patrimonio de la Humanidad en 1995.

El Parque Arqueológico Ciudad Perdida, Teyuna, está ubicado en la Sierra Nevada de Santa Marta. El descubrimiento en 1976 y restauración de Ciudad Perdida, la creación de infraestructura física y administrativa, consolida finalmente la existencia de este sitio arqueológico hacia finales de los años ochenta. Actualmente está candidatizado por la UNESCO como sitio sagrado, por combinar valores culturales y de biodiversidad.

Por otra parte, el ICANH fue designado por el Ministerio de Cultura desde el 2006 como supervisor del comodato del Parque Arqueológico Piedras de Tunja en Facatativá, administrado por la CAR desde 1988. Este parque fue declarado Parque Arqueológico en 1946.