La Subdirección de Gestión del Patrimonio es una dependencia del ICANH encargada de liderar las políticas, estrategias y acciones para la protección, conservación, investigación, registro, divulgación y uso social del patrimonio arqueológico de la Nación. Administra los parques arqueológicos bajo custodia del Instituto, orienta procesos de registro e inventario de bienes muebles e inmuebles, y coordina la conservación y difusión de colecciones. Emite conceptos técnicos sobre tenencia, intervención, hallazgos fortuitos, exportación y declaratorias patrimoniales, y realiza seguimiento a los Programas de Arqueología Preventiva (PAP). 

También promueve el uso de tecnologías aplicadas como sensores remotos y prospecciones geofísicas. Lidera la gestión del patrimonio cultural sumergido con enfoque interdisciplinario, fomentando su identificación, preservación y apropiación social. Además, fortalece el relacionamiento internacional mediante el diálogo y la cooperación con entidades homólogas, con el objetivo de avanzar en procesos de repatriación de bienes arqueológicos y consolidar vínculos en torno al patrimonio como herencia común de la humanidad.

Su labor se orienta desde una visión integral e interdisciplinaria, para que el patrimonio sea comprendido como un bien público y estratégico para la construcción de identidad, cohesión social y sostenibilidad cultural en Colombia.