Son funciones de la Subdirección Científica las siguientes:

1. Dirigir y coordinar la ejecución de los proyectos y grupos de investigación en materia de antropología social y cultural, bioantropología, arqueología, lingüística, historia y etnohistoria.

2. Orientar y realizar las publicaciones de los resultados de las investigaciones adelantadas.

3. Establecer los criterios científicos para el desarrollo de las investigaciones que realice el Instituto.

4. Vincularse a los procesos investigativos de carácter científico que efectúen instituciones internacionales o investigadores científicos diferentes a la entidad, previa consideración y evaluación del interés cultural que ellos revistan.

5. Prestar asesoría científica a los organismos de carácter público o privado en el diseño y ejecución de estudios de impacto cultural, arqueológico y antropológico.

6. Interactuar con la docencia científica.

7. Orientar y realizar el registro del patrimonio arqueológico y etnográfico del país, desarrollando y aplicando caracterizaciones técnicas adecuadas.

8. Velar por la conservación y el mantenimiento de los parques arqueológicos cuya custodia le sea encargada, como espacios depositarios de bienes de interés cultural.

9. Apoyar los criterios relacionados con el Plan Operativo Anual de Inversiones en materia de los Programas Misionales de la entidad.

10. Las demás funciones que se le asignen de acuerdo con la naturaleza de la dependencia.